A Igreja possui Altares de grande beleza e no Convento destacam-se os claustros onde estão arquivados alguns exemplares da epigrafia romana.
A Igreja e o Convento sofreram grandes obras de remodelação no século XVIII, sendo o Convento fundado no século XVI, e entregue à ordem Franciscana.
No século XVIII é relatada a presença de várias pessoas e “(…) com o habitto de Sam Francisco.”
A Igreja de S. Francisco foi vendida em Haste Pública, a seguir à Inquisição, sendo o seu proprietário o Sr. José Moniz Pereira, que a doou à Santa Casa da Misericórdia do Torrão para nele ser feiro um hospital. Porém o Pároco Sr. Padre Daniel veio para o Torrão em 1956 e apresentou de modo a fazer ema permuta entre o Palácio dos Viscondes do Torrão que era património da igreja e o edifício de S. Francisco que era Património da santa Casa da Misericórdia. A permuta foi feita em 1959 sendo a mesma registada em ata. Atualmente a Igreja pertence á Igreja Católica e o Convento funciona como IPSS.